امير مساح1، کرامت اله ايزدپناه1، عليرضا افشاريفر1، استفان وينتر2 و علي آهون منش3
1-مرکز تحقيقات ويروس شناسي گياهي، دانشکده کشاورزي، دانشگاه شيراز 2-بخش ويروس شناسي گياهي، برانشويگ، آلمان 3- دانشگاه صنعتي اصفهان
از روش واکنش زنجيره اي پلي مراز با آغازگرهاي تصادفي (random-PCR)و سپس اتصال قطعات تعيين ترادف شده جدا از هم از طريق طراحي آغازگرهاي اختصاصي، براي تعيين ترادف ويروس موزائيک ايراني ذرت (IMMV) استفاده شد. بدين ترتيب ترادف کامل ژن ها و نواحي بين ژني و ترادف ناقص نواحي دو ناحيه ابتدائي (trailer) و دنباله (leader) شامل 12381 نوكلئوتيد بدست آمد و مورد تجزيه و تحليل قرار گرفت. اين مطالعه نشان داد که IMMV شامل شش ژن بر روي رشته مكمل ويروسي مي باشد. هر ژن از اولين متيونين تا كدون خاتمه بين دو ناحيه بين ژني محاسبه شد. نقشه پيشنهادي ژنومي اين ويروس بصورت ¢ 5 l-N-P-3-M-G-L-t ¢3 مي باشد. N، P، 3، M، G و L بترتيب ژن هاي نوكلئوكپسيد، فسفوپروتئين، پروتئيني با نقش نامشخص، ماتريكس پروتئين، گليكوپروتئين و ترانس كريپتاز مي باشند. l و t بترتيب نواحي leader و trailer مي باشند. ژن ها در ويروس موزائيك ايراني ذرت بوسيله نواحي بين ژني كه بسيار حفاظت شده مي باشند از يكديگر جدا مي شوند. ترادف استنتاجي(consensus) براي نواحي بين ژني حفاظت شده بصورت¢5¢AAUUCUUUUUGGGUUU/G3 مي باشد. همرديف سازي دوتائي و چندتائي و تجزيه و تحليل درخت فيلوژنتيك نشان داد كه ويروس موزائيك ايراني ذرت در مقايسه با ساير رابدوويروس هاي گياهي به ويروس موزائيك ذرت (MMV)نزديكتر است. نتايج حاصل از اين تحقيق شامل تجزيه و تحليل ترادف همسو با نتايج حاصل از كارهاي قبلي شامل فقدان ارتباط سرولوژيكي بين ويروس موزائيك ايراني ذرت و ويروس موزائيك ذرت، اختلاف در دامنه ميزباني، اختلاف در اندازه پروتئين ها، اختلاف در اندازه پيکره هاي ويروسي و داشتن ناقل هاي مختلف نشان مي دهد كه ويروس موزائيك ايراني ذرت يك ويروس مشخص و جدا مي باشد. ولي نزديكترين ويروس به آن ويروس موزائيك ذرت مي باشد.
Sequencing and molecular characterization of Iranian maize mosaic nucleorhabdovirus
A. Massah1, K. Izadpanah1, A. R. Afsharifar1,
1- Plant Virus Research Center, College of Agriculture, Shiraz University, Shiraz, Iran 2- DSMZ Plant Virus Division, Braunschweig, Germany 3- Isfahan University of Technology
Random polymerase chain reaction (rPCR) followed by filling of gaps by the use of specific primers (designed from the rPCR data) was used to sequence and subsequently analyze the genome of Iranian maize mosaic virus (IMMV). Complete nucleotide sequence of genes and intergenic regions and partial sequence of leader and trailer regions comprising 12381 nucleotides were determined. Based on these data IMMV had six open reading frames (ORF) on complementary viral RNA (vcRNA). All ORFs were estimated as a region from the first methionine to a stop codon between two junctions. The proposed IMMV genomic map is 3¢ l-N-P-3-M-G-L-t 5¢. N, P, 3, M, G and L are genes for proposed nucleocapsid, phosphoprotein, a protein of unknown function, matrix protein, glycoprotein and transcriptase. T and l are the trailer and the leader sequences, respectively. Each ORF in IMMV is bordered by two intergenic regions. Part of all intergenic regions is highly conserved. The consensus sequence for conserved intergenic regions is 3¢AAUUCUUUUUGGGUUU/G 5¢. Pairwise and multiple alignments and phylogenetic tree analysis showed IMMV closer to MMV than to other plant rhabdoviruses. The results of this study, including sequence analysis in agreement with the results of previous works including absence of serological relationship between IMMV and maize mosaic virus (MMV), difference in host range, difference in size of proteins, difference in particles size and transmission by different vectors show that IMMV is a distinct virus in the genus Nucleorhabdovirus. However, the closest virus to IMMV appears to be MMV.
نوسازی تغذیه و حفاظت از گیاهان زراعی با فناوری زیستی، ساری، ایران