پزشکان گیاهان

سيستم بافري ناپيوسته Non continous  كه توسط "Laemmmli" در سال 1970 معرفي شد، رايج ترين روشي است كه براي بعد دوم الكتروفورز دوبعدي بكارگرفته مي شود. ژلها يا داراي غلظتي مشخص از پلي آكريلاميد يا حاوي شيبهاي غلظتي از پلي آكريلاميد هستند. نوارهاي "IPG" بعد از متعادل سازي مستقيماً بر سطح ژلهاي بعد دوم "SDS-PAGE" قرار داده مي شوند كه اين ژلها مي توانند عمودي يا افقي باشند.

در مورد روشهايي كه از سيستم هاي افقي براي بعد دوم استفاده مي شود اين مزيت وجود دارد كه چون  ژلهاي "SDS-PAGE" بر روي يک صفحه ي پلاستيكي متصل هستند, در نتيجه از تغييرات در اندازة ژل در حين رنگ‌آميزي ممانعت بعمل مي آيد. در روش افقي نقاط در مقايسه با آن چيزي كه از سيستم عمودي گرفته مي شود داراي وضوح بيشتري هستند. اين امر به دليل قطر کمتر ژلها مي باشد كه معمولاً در سيستم افقي 5/0 ميلي متر است درحاليكه در سيستم عمودي بين 5/1-1 ميلي متر است. قطر کم استفاده از ولتاژهاي بالاتر را ممکن مي سازد و درنتيجه انتشار پروتئينها در حين الکتروفورز كمتر است. اما مزيت ژلهاي "SDS-PAGE" عمودي در امکان انجام چندين تجربه به طور هم زمان است که درآناليز پروتئوم کمک به افزايش تكرارپذيري نمايه ي پروتئيني الكتروفورز دوبعدي را مي نمايد. در سيستم هاي عمودي نياز به استفاده از ژلهاي رديف کننده Stacking نيست زيرا مناطقي كه پروتئينها در آن فوكوس شده اند در داخل نوارهاي IPG قبلاً تغليظ شده‌اند.

"SDS-PAGE" علاوه بر استفاده گسترده در الکتروفورز دو بعدي, يكي از قابل اعتمادترين روشهاي موجود براي جداسازي پروتئين در مخلوط هاي پروتئيني و نيز ارزيابي خلوص پروتئين است. كاربردهاي ديگر "SDS-PAGE" كه در تحقيقات مربوط به تعيين ساختار پروتئين و پروتئوميكس مطرح مي شود عبارتند از:

• تعيين جرم مولكولي نسبي (Mr)

• مشخص كردن غلظت پروتئين

• شناسايي تغييرات پروتئين

• تعيين نقشه پپتيدي با استفاده از هضم پروتئوليتيك جزئي در ژل رديف کننده.

• مرحلة اول ايمونوبلاتينگ با انتقال الكتروفورتيك به ماتريكس

• تلفيق با روشهاي پروتئوليتيك با توان عملكردي بالا براي توالي يابي  مستقيم پايانه هاي كربوكسي ـ آميني و يا تلفيق هضم پروتئوليتيك بر روي ژل و اسپكتروفوتومتري جرمي براي تعيين هويت پروتئين است.

اگرچه اكثر محققان هنوز از روش تكنيك هاي رنگ آميزي كوماسي  برليانت بلو ،‌ نيترات نقره و همچنين برچسب هاي راديواکتيو استفاده مي كنند، استفاده از روشهاي پيشرفته جديد با حساسيت بالا در بصري سازي پروتئين بخصوص روشهاي رنگ آميزي فلورسانس ، حساسيت كلي آشكارسازي پروتئين ها را در روي ژل پلي آكريل آميد بالا برده است.